我市全面贯彻党的卫生工作方针和民族政策，以“保基本、强基层、建机制”的基本原则为指导，加强少数民族地区卫生服务网络建设，优化少数民族卫生服务资源配置，强化少数民族群众对基本公共卫生和基本医疗服务的公平享有，加强少数民族卫生服务职能管理、服务机构、人才队伍、信息管理和保障支撑建设，不断满足我市少数民族群众的卫生服务需求。全市5个民族乡建有社区卫生服务中心4个，密云县檀营地区办事处，因无下辖村落，设有3个村卫生室。13个民族街道建有社区卫生服务中心18个，3个无中心的街道设置社区卫生服务站16个。116个民族村中建有社区卫生服务中心6个，社区卫生服务站18个，村卫生室92个。均实现20-30分钟内可及医疗卫生服务的标准。《北京市“十二五”时期少数民族事业发展规划》中，已将北京市回民医院和北京民族医院作为我市民族医药研究基地，以此弘扬民族医药文化，推进民族医药事业发展。

北京藏医院暨北京民族医院是北京地区唯一一所国家级民族医院。它的前身是北京藏医院，成立于1992年，1998年由国家投资易地进行了扩建，并冠名北京民族医院暨北京藏医院。目前新址坐落在亚运村安外小关北里218号。是“以藏医为主，多民族医为一体，集医疗、科研、教学和康复相结合”的特色医院。

北京市回民医院始建于1947年，其前身是中国回教协会北京分会创办的“普慈施门诊部”，1949年更名为北京市回民医院。历经67年的发展，如今已形成为集医、教、研、康、防和社区卫生服务为一体的中西医结合（民族）医院。